Bereits vor der Reformation hatte Flözlingen eine eigene Dorfkirche, die dem Heiligen Jakob geweiht war. Diese wurde im Jahr 1716 abgerissen.
Unter dem Baumeister Heinerich Arnoldt aus Rosenfeld wurde an exponierter Stelle die neue Kirche errichtet. Um den Standort gab es nach den Aufzeichnungen des Pfarrers Krafft im Ort „großen Zwist“. Die Grundsteinlegung erfolgte am 24. April 1717. Der Bau ging zügig und unfallfrei vonstatten, so dass am 16. Sonntag nach Trinitatis bereits der erste Gottesdienst gefeiert werden konnte. Der Bau wurde größtenteils in Eigenleistung (einige Bürger leisteten „gegen 200 Fuhren“) und mit Unterstützung benachbarter Gemeinden durchgeführt.
Im Jahr 1858 wurde der Turm zu seiner heutigen Höhe ausgebaut. Das Chorfenster wurde im Jahr 1891 „zur Erinnerung an die Einigung Deutschlands“ gestiftet. Nach dem Zweiten Weltkrieg bekam die Kirche ein neues Geläut.
Im Jahr 1964 wurde die Kirche renoviert uns modernisiert. Bei der Sanierung wurde unter anderem das Gestühl, der Altar und der Taufstein ersetzt.
Die Orgel des Orgelbauers Peter Vier aus Oberweiher bei Lahr wurde im Jahr 1969 in den Chor eingebaut und ersetzte die alte Orgel aus dem Jahr 1818, wobei einige Holzpfeifen übernommen wurden.
Im Jahr 2016 und 2017 erfolgte zum 300-jährigen Kirchenjubiläum eine weitere Renovierung. Dabei wurde das Christus-Kaiser-Fenster von der Südseite an die Westseite des Chorraums versetzt. An der Stelle des Christus-Kaiser-Fensters wurde das neue Auferstehungs-Fenster installiert. Die Vier-Orgel wurde ausgebaut und durch eine moderne elektronische Orgel ersetzt. Die Gestaltung des Innenraums der Kirche wurde vom Rottweiler Künstler Tobias Kammerer vorgenommen.